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수생식물은 물과 직접 부대끼며 살아가는 만큼 수질 및 물 주변의 환경변화에 가장 민감하다. 이 때문에 수질 측정의 또다른 지표로 유용하게 사용되기도 한다. 또한 끊임없는 광합성 활동을 통해 물 속의 용존산소를 풍부하게 하여 자정작용뿐만 아니라 오염물질 등을 걸러주는 정화작용으로서의 필터역할까지도 한다. 낙동강본류의 수생식물은 총 16과 20속 35종으로 알려져 있다. 낙동강 중류지점인 대구를 기점으로 상하류에 분포하는 수생식물을 살펴보면 대구인근 상류지점에는 16종, 하류에는 26종으로 하류로 갈수록 많이 나타나고 있다. 또한 침수성인 식물인 검정말이 우점종인 것으로 밝혀졌다. 이밖에도 생이가래, 붕어마름 등도 많이 분포하고 있다.
물 속에서 사는 수서곤충은 특정 종의 유무, 종수와 개체 수의 구성 등 군집구조의 뚜렷한 차이로 수중생태계의 성상은 물론 수중환경을 평가하는데 적당하다. 낙동강 본류와 지천인 회천 및 황강의 저서성 대형무척추 동물상을 조사한 결과 낙동강 본류에만도 19목 59과 79속 1백25종이 서식하고 있는 것으로 확인되고 있다.
낙동강의 상류수계에 해당하는 태백산 당골과 봉화군 백천계곡에서는 선충류, 하루살이류, 날도래류 등 청정수역에서 서식하는 종류를 포함, 30여종이 채집되고 있다. 그러나 백천계곡에서 4㎞도 지나지 않은 석포면 석포제련소 아래지점은 출현수가 18종으로 감소하였으며 종류도 대부분 오염수역에서 많은 깔다구류, 실지렁이류 등이 많이 출현하였다. 그러나 봉화군 청량사 앞에서는 전체 70∼80%가 1,2급수에서 서식하는 종류로 총 68종의 저서성 대형 무척추동물이 채집되고 있다. 이처럼 오염정도에 따라 가장 민감하게 대처하는 것이 생물의 종류와 수로 모든 생물은 환경에 민감하게 영향받고 있음을 알 수 있다. 낙동강하류로 내려갈수록 물의 오염이 심해짐에 따라 곤충의 종류수도 줄어들 뿐만 아니라 금호강 합류후는 오염수에서만 서식하는 붉은색깔다구, 등각류의 나귀벌레 등을 포함 13종만이 서식하고 있는 것으로 확인되고 있다.
전체적으로 낙동강의 경우 상류에서 하류로 갈수록 파리목과 잠자리목의 점유율이 높아지고 주로 청정 지역에 서식하는 하루살이목의 점유율이 떨어지는 양상을 나타낸다. 하류로 내려갈수록 오염이 심해지는 것을 입증해 주는 증거라고 볼 수 있다.
하천변의 식생은 상·중·하류지역에 따라 확연한 차이를 보여준다. 토양의 수분함량과 성분의 차이 등에 다라 식생분포가 달라지기 때문이다. 낙동강 상류는 홍수기에 파괴력이 크고, 물의 흐름이 대단히 강해 이러한 환경에도 잘 생존하는 달뿌리 풀 군락이 대표적인 식생이다. 상류지역의 대부분은 홍수에 의한 파괴와 토양 특성의 영향으로 여뀌, 쇠뜨기 등이 산재한다. 홍수의 영향이 적은 해나 갈수기에는 일년생초본류가 일시적으로 번성케 된다. 중·하류라도 상류의 영향탓으로 물길의 영향이 큰 곳에는 상류와 마찬가지로 달뿌리풀 군락이 발달하고, 하류로 내려오면서 차츰 점토질이 퇴적되고 하상이 높아져 갈대군락이 발달해 있다.
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